Карьеру профессионального мангаки Кон начал в 1990 публикацией манги "Тропик" [Kaikisen]. Параллельно ее изданию он работал помощником и учеником Отомо Кацухиро, иллюстрируя его мангу "Кошмар квартирного вопроса" [World Apartment Horror] (1991).

В том же 1991 году Кон принял участие в создании полнометражного OAV "Старик Зет" по мотивам манги Отомо.

Его первой значительной работой в аниме стала координация создания OAV-сериала "Странные приключения Дзёдзё" [Jojo no Kimiyona Bouken] (1993-1994) режиссера Китакубо Хироюки, который делал и "Старик Зет".

В 1995 году Кон вместе с Моримото Кодзи принял участие в создании первой новеллы аниме-фильма Отомо "Воспоминания" [Memories].

В 1993 году автор популярного психологического триллера "Идеальная синева" [Perfect Blue] Такэути Ёсикадзу предложил компании "Rex Entertainment" экранизировать его книгу. Изначально предполагалось делать киноверсию, но в дальнейшем было принято судьбоносное решение сделать аниме-экранизацию.

Рисовать это экспериментальное аниме согласилась студия "Madhouse", а Отомо, ранее иллюстрировавший роман, предложил Кона в качестве режиссера фильма.

Вышедший в 1997 году полнометражный фильм "Идеальная синева" стал настоящим хитом. Он получил первый приз на фестивале "Fant-Asia Film Festival" как лучший азиатский фильм. Кон моментально вошел в число культовых и наиболее известных аниме-режиссеров.

Новое полнометражное аниме Кона - "Актриса тысячелетия" [Sennen Joyuu] (2001). Этот фильм рассказывает о жизни и творчестве известной японской актрисы Фудзивары Тиёко.

Как и его учитель Отомо, Кон Сатоси не приемлет "прелестного" стиля. Ему интересно не изображение красивых девочек и мальчиков в банальных ситуациях, а погружение в глубину человеческой психологии, не самоцельное "анимирование", а использование анимации как особого вида искусства для передачи идей и концепций, интересных творцу.

Кон - один из первых режиссеров, использующих в аниме идеи, выработанные в киномонтаже и кинооператорской работе.